Nigol Aghpalian nait en 1875 à Tbilissi. Il débute ses études au Lycée Nercissian de Tbilissi et les poursuit au Séminaire Kévorkian d’Etchmiadzine. Dès son jeune âge il se consacre à l’enseignement tout en collaborant au mensuel “Mourdj” (Le Marteau) en écrivant des articles de critique littéraire. Ses études universitaires l’emmènent à Moscou, Paris et Lausanne. De 1909 à 1912, il dirige l’école arménienne de Téhéran. En tant que militant politique, il participe aux assemblées générales de la Fédération révolutionnaire arménienne Dachnagtsoutioun. Il est également membre élu au Conseil national et au comité organisant les troupes de volontaires arméniens combattant sur le front du Caucase. Après la déclaration de la République d’Arménie, en 1918, il est élu membre du Parlement d’Arménie. En 1919, il est désigné ministre de l’éducation nationale et c’est grâce à ses efforts qu’est fondé, le 31 janvier 1920, la première université d’Arménie à Gyumri (anciennement Alexandrapol).
Après la soviétisation de l’Arménie, en 1921, il est emprisonné du 9 au 18 février avec L. Chanth, H. Ohantchanian et d’autres hommes d’État et personnalités culturelles. Il est libéré grâce au soulèvement populaire de février. Il va en Iran, puis en Égypte, où il se consacre à des activités pédagogiques et culturelles.
De 1923 à 1928, il dirige l’école arménienne d’Alexandrie. Il est l’un des fondateurs, en 1928, de l’association pour l’éducation et l’édition Hamaskaïne. Avec Lévon Chanth, il fonde le Djémaran du Hamaskaïne à Beyrouth en 1930.
Jusqu’à sa mort, Nigol Aghpalian reste le proche collaborateur de Lévon Chanth, enseignant l’histoire de la littérature arménienne et le Grabar (arménien classique), tout en collaborant à la presse arménienne, en signant des articles de philologie et de critique littéraire.
Aghpalian meurt le 15 octobre 1947 à Beyrouth.